Science 썸네일형 리스트형 [NetPyNE/NEURON] Multithreaded parallelization 관련 NEURON 혹은 NetPyNE (NEURON의 Wrapper) 에서는 Thread를 이용해 병렬화를 할 수 있다. GPU 기반에 비하면 매우 열악하긴 하지만, 아마 ODE 계산 문제 때문에 쉽게 GPU로 전환되지 못하는 것 같고, 일부 Computation 만 GPU로 올려서 처리하는 형태로 접근하고 있는 것 같다. (CoreNEURON프로젝트: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fninf.2019.00063/full) 2022년에는 NeuroGPU라고 해서 NEURON modeling을 GPU Hardware에서 돌릴 수 있게 하는 Wrapper 가 J Neurocience Methods (http://dx.doi.org/10.1016/j.jneumeth.. 더보기 [NEURON] VS Code에서 실행하기 위한 Task 만들 지금은 사실 Python이랑 통합되서 이렇게 실행할 일은 없지만, 워드프레스 정리하는 김에 같이 티스토리에도 옮겨둔다. Python 비통합 버전으로 compile + run (nrniv) 하기 위한 task 코드 우분투 기준임. { // See https://go.microsoft.com/fwlink/?LinkId=733558 // for the documentation about the tasks.json format "version": "2.0.0", "tasks": [ { "label": "Compile NEURON", "type":"shell", "command": "rm -rf ./x86_64; cd ./mods; nrnivmodl; mv -f ./x86_64 ../x86_64", "presen.. 더보기 [NetPyNE/NEURON] 병렬화 관련 메모리 문제 NEURON + NetPyNE 로 병렬화가 매우 쉽게 처리가 되어서, Large-Scale로 쉽게 확장했다. 그런데, 시뮬레이션이 돌아가는건 괜찮은데 시뮬레이션 이후 Gather 과정에서 문제가 발생한다. [comet-20-53:27930] *** Process received signal *** [comet-20-53:27930] Signal: Aborted (6) [comet-20-53:27930] Signal code: (-6) [comet-20-53:27930] [ 0] /lib64/libpthread.so.0[0x3aa140f7e0] [comet-20-53:27930] [ 1] /lib64/libc.so.6(gsignal+0x35)[0x3aa0832495] [comet-20-53:27930] [.. 더보기 행동분석툴 Deep Lab Cut 세팅 관련 이슈 정리 Crop GUI 문제 Matplotlib 버젼이 안맞음 pip install matplotlib==3.5.2 으로 다운그레이드 필요 Simple install Cropping error from extraction – Usage & Issues – Image.sc Forum Done in miniconda conda create --name DLC python=3.9 conda activate DLC conda install -c conda-forge cudatoolkit=11.2 cudnn=8.1.0 pip install --upgrade pip pip install "tensorflow 더보기 inspyred library, collections 에러 해결 Model fitting 하기 위해 evolutionary algorithm 을 사용해야하는 상황이 있어서 오랜만에 inspyred를 다시 세팅했는데, 아래 에러가 난다. attribute error: module ‘collections’ has no attribute ‘iterator’ 이 문제는 python 버젼 3.10 부터 collections 밑에 iterator가 바로 있는 것이 아니라 collections.abc 밑으로 들어갔기 떄문에 발생한다. 가장 좋은 방법은 라이브러리가 업데이트 되는 건데.. 업데이트가 일단 안되고 있는 오래된 라이브러리라 패스. 두번째는 파이썬 버젼을 3.9 대로 내리는 방법이다. 다른 디펜던시 때문에 패스. 마지막으로는 그냥 inspyred library에서 해당 .. 더보기 이전 1 다음