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Science/Computational Neuroscience

[NetPyNE/NEURON] Multithreaded parallelization 관련 NEURON 혹은 NetPyNE (NEURON의 Wrapper) 에서는 Thread를 이용해 병렬화를 할 수 있다. GPU 기반에 비하면 매우 열악하긴 하지만, 아마 ODE 계산 문제 때문에 쉽게 GPU로 전환되지 못하는 것 같고, 일부 Computation 만 GPU로 올려서 처리하는 형태로 접근하고 있는 것 같다. (CoreNEURON프로젝트: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fninf.2019.00063/full) 2022년에는 NeuroGPU라고 해서 NEURON modeling을 GPU Hardware에서 돌릴 수 있게 하는 Wrapper 가 J Neurocience Methods (http://dx.doi.org/10.1016/j.jneumeth.. 더보기
[NEURON] VS Code에서 실행하기 위한 Task 만들 지금은 사실 Python이랑 통합되서 이렇게 실행할 일은 없지만, 워드프레스 정리하는 김에 같이 티스토리에도 옮겨둔다. Python 비통합 버전으로 compile + run (nrniv) 하기 위한 task 코드 우분투 기준임. { // See https://go.microsoft.com/fwlink/?LinkId=733558 // for the documentation about the tasks.json format "version": "2.0.0", "tasks": [ { "label": "Compile NEURON", "type":"shell", "command": "rm -rf ./x86_64; cd ./mods; nrnivmodl; mv -f ./x86_64 ../x86_64", "presen.. 더보기
[NetPyNE/NEURON] 병렬화 관련 메모리 문제 NEURON + NetPyNE 로 병렬화가 매우 쉽게 처리가 되어서, Large-Scale로 쉽게 확장했다. 그런데, 시뮬레이션이 돌아가는건 괜찮은데 시뮬레이션 이후 Gather 과정에서 문제가 발생한다. [comet-20-53:27930] *** Process received signal *** [comet-20-53:27930] Signal: Aborted (6) [comet-20-53:27930] Signal code: (-6) [comet-20-53:27930] [ 0] /lib64/libpthread.so.0[0x3aa140f7e0] [comet-20-53:27930] [ 1] /lib64/libc.so.6(gsignal+0x35)[0x3aa0832495] [comet-20-53:27930] [.. 더보기